Binaların işletme maliyetleri; enerji maliyetleri (elektrik, doğalgaz vb.), su maliyetleri, bakım maliyetleri, personel maliyetleri vb.’den oluşmaktadır. Burada binanın cinsine göre temizlik, yemek, güvenlik hizmeti gibi maliyetler de vardır. Ancak bunlar bu çalışmanın kapsamı dışındadır. Enerji maliyetleri içindeki en büyük pay HVAC sistemlerine (ısıtma, soğutma, havalandırma) aittir. Bundan sonra yapının cinsine bağlı olmakla birlikte, aydınlatmadaki enerji tüketimleri öne çıkmaktadır. Enerji ve su verimliliği ön plana çıkarılarak inşa edilen yapılarda ilk yatırım maliyetleri %10-20 civarında artmakla birlikte bu yatırım genelde kendisini 5-6 yılda amorti etmesi hedeflenir. Bu şekilde hem enerji tasarrufu sağlanır hem de daha az CO2 emisyonu salımı nedeniyle çevrenin korunmasına katkı sağlanır. Binanın cinsine bağlı olarak gri su sistemi ve yağmur suyu toplama sistemi ile su tasarrufu yapılabilir. İşletme maliyetlerini düşürülmesinde önemli hususlardan birisi de iyi bir işletme ekibinin olmasıdır (özellikle kompleks yapıdaki binalarda). Ancak Türkiye’de “bina işletmeciliği” konusunda yetişmiş işletme personeli bulmak kolay değildir. Bu nedenle özellikle karma kullanımlı binaların kullanım dönemindeki işletmesi ile ilgili ilgilenecek yetkin işletme mühendisi ve yardımcı işletme personeli yetiştirilmesi yararlı olacaktır.